Organograma​​​​ (JPG​​)​

O SEF estrutura-se verticalmente e compreende:

A DIRETORIA NACIONAL​​
​Composta por:​

Diretor Nacional, Fernando Silva​ 

Coadjuvado por:
Diretor Nacional Adjunto, Maria Alexandra Martins
Diretor Nacional Adjunto, Paulo Batista

SERVIÇOS DA DIRETORIA

Gabinete Jurídico (GJ), Helena Santos

Gabinete de Inspeção (GI), João Manuel da Conceição de Oliveira

Gabinete de Asilo e Refugiados (GAR), Marina Portugal

Gabinete Relações Internacionais, Cooperação e Relações Públicas

Gabinete de Estudos, Planeamento e​​ Formação (GEPF), António Fialho

Gabinete Técnico de Fronteiras (GTF), Cláudia Rocha

Gabinete de Apoio às Direções Regionais (GADR), Fátima Silva

Gabinete de Recursos Humanos (GRH), Ana Luísa Ribeiro

Gabinete de Sistemas de Informação (GSI), Jorge Saraiva

O Conselho Administrativo

Os Serviços Centrais

Direção Central de Investigação (DCINV)

Direção Central de Imigração e Documentação (DCID), Isabel Baltazar

Direção Central de Gestão e Administração (DCGA), José António Madeira Palma

Os Serviços descentralizados

Direção de Fronteiras de Lisboa, José Caçador

Direções Regionais ​

Direção Regional de Lisboa, Vale do Tejo e Alentejo, José Salvador

Direção Regional do Norte, Armindo Pires

Direção Regional do Centro, Isabel Salgado

Direção Regional do Algarve

Direção Regional da Madeira, César Inácio

Direção Regional dos Açores, Helena Bastos Martins

Delegações Regionais (24)​

Postos de Fronteira 

Postos de Fronteira Aéreos

Aeroporto da Portela - Lisboa - PF 001 

Aeroporto de São Luis - Faro - PF 002 

Aeroporto Francisco Sá Carneiro - Porto - PF 003 

Aeroporto de Santa Catarina - Funchal - PF 004 

Aerogare Civil das Lajes - Açores - PF 005 

Aeroporto de Santa Maria - Açores - PF 006 

Aeroporto de Ponta Delgada - Açores - PF 007 

Aeroporto de Porto Santo - PF 008
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Postos de Fronteira Marítimos

Gare Marítima de Alcântara - PF 201 

Porto de Leixões – PF 202 

Porto de Setúbal – PF203 

Porto de Viana do Castelo - PF 204 

Porto de Sines – PF205 

Porto da Figueira da Foz - PF 206 

Porto de Aveiro - PF 207 

Marina do Funchal - Madeira - PF 208 

Porto de Ponta Delgada - PF 209 

Cais de Santa Cruz da Horta - PF 211

Marina de Vilamoura - PF 214 

Marina de Portimão - PF 215 

Marina de Lagos - PF 216 

Porto e Marina de Olhão/Faro – PF217

Porto de Peniche – PF218 

Porto da Nazaré – PF220 

Póvoa do Varzim – PF222 

Porto de Porto Santo - PF 223 

Porto de Angra do Heroísmo/Praia da Vitória - PF 224 

Marina de Cascais – PF227 

Porto de Sesimbra – PF228

Centros de Cooperação Policial e Aduaneira​

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Castro Marim

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira do Caya

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Tuy

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Vilar Formoso

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Quintanilha​
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