Organograma​​​​ (JPG​​)​

O SEF estrutura-se verticalmente e compreende:

A DIRETORIA NACIONAL​​
​Composta por:​

Diretor Nacional, Carlos Matos Moreira

Coadjuvado por:
Diretora Nacional Adjunta, Cristina Gatões 
Diretor Nacional Adjunto, José Moreira

SERVIÇOS DA DIRETORIA

Gabinete Jurídico (GJ), Cristina Barateiro

Gabinete de Inspeção (GI), João Ataíde

Gabinete de Asilo e Refugiados (GAR), Maria Emília Lisboa

Gabinete Relações Internacionais, Cooperação e Relações Públicas (GRICRP), Mário Pedro

Gabinete de Estudos, Planeamento e Formação (GEPF), Maria José Ribeiro

Gabinete Técnico de Fronteiras (GTF), António Fialho

Gabinete de Apoio às Direções Regionais (GADR), Esmeralda Louro

Gabinete de Recursos Humanos (GRH), António Santos Carvalho

Gabinete de Sistemas de Informação (GSI), Ana Fernandes

O Conselho Administrativo

Os Serviços Centrais

Direção Central de Investigação (DCINV), Gonçalo Rodrigues

Sub-Direção Central de Investigação (DCINV), Ema Pacheco

Direção Central de Imigração e Documentação (DCID), Helena Bastos Martins

Direção Central de Gestão e Administração (DCGA)​, Ana Pica​​

Os Serviços descentralizados

Direção de Fronteiras de Lisboa, António Sérgio Henriques

Direções Regionais ​

Direção Regional de Lisboa, Vale do Tejo e Alentejo, Paulo Torres

Direção Regional do Norte, Gabriela Parreirão

Direção Regional do Centro, César Inácio

Direção Regional do Algarve, Conceição Bértolo

Direção Regional da Madeira, Jorge Faustino

Direção Regional dos Açores, Francisco Maldonado Pereira

Delegações Regionais (24)​

Postos de Fronteira 

Postos de Fronteira Aéreos

Aeroporto da Portela - Lisboa - PF 001 

Aeroporto de São Luis - Faro - PF 002 

Aeroporto Francisco Sá Carneiro - Porto - PF 003 

Aeroporto de Santa Catarina - Funchal - PF 004 

Aerogare Civil das Lajes - Açores - PF 005 

Aeroporto de Santa Maria - Açores - PF 006 

Aeroporto de Ponta Delgada - Açores - PF 007 

Aeroporto de Porto Santo - PF 008
​

Postos de Fronteira Marítimos

Gare Marítima de Alcântara - PF 201 

Porto de Leixões – PF 202 

Porto de Setúbal – PF203 

Porto de Viana do Castelo - PF 204 

Porto de Sines – PF205 

Porto da Figueira da Foz - PF 206 

Porto de Aveiro - PF 207 

Marina do Funchal - Madeira - PF 208 

Porto de Ponta Delgada - PF 209 

Cais de Santa Cruz da Horta - PF 211

Marina de Vilamoura - PF 214 

Marina de Portimão - PF 215 

Marina de Lagos - PF 216 

Porto e Marina de Olhão/Faro – PF217

Porto de Peniche – PF218 

Porto da Nazaré – PF220 

Póvoa do Varzim – PF222 

Porto de Porto Santo - PF 223 

Porto de Angra do Heroísmo/Praia da Vitória - PF 224 

Marina de Cascais – PF227 

Porto de Sesimbra – PF228

Centros de Cooperação Policial e Aduaneira​

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Castro Marim

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira do Caya

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Tuy

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Vilar Formoso

Centro de Cooperação Policial e Aduaneira de Quintanilha​
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